El Prof. Francisco Javier Jiménez Muñoz ha desarrollado principalmente su aportación científica en el ámbito del Derecho de obligaciones, tanto desde el punto de vista del Derecho español como de la armonización del Derecho privado europeo, siendo autor de dos monografías en esta materia (La usura. Evolución histórica y patología de los intereses, Ed. Dykinson, Madrid, 2010; y Régimen Jurídico de los Desahucios y Lanzamientos, Ed. Juruá, Lisboa, 2014; 2ª ed. de 2017); y en el ámbito del Derecho de familia, en que ha publicado diversos trabajos sobre la obligación de alimentos entre parientes, la filiación o la regulación jurídica de la reproducción asistida, entre los que destaca la monografía La reproducción asistida y su régimen jurídico, Ed. Reus, Madrid, 2012. Asimismo, son destacables los capítulos publicados en numerosas obras colectivas.