El estudio de los procesos relacionados con la presencia de microorganismos en el subsuelo está siendo objeto de un interés creciente por parte de la comunidad científica, contemplándose dos vertientes, por un lado la presencia de microorganismos como constituyentes no deseables del agua (caso de microorganismos patógenos) y por otro su importancia en la química del agua y depuración de los compuestos contaminantes.